Démocratique, le syndicat est composé d'instances élues par les adhérents ou leurs représentants :

Au niveau national, les adhérents réunis en Congrès Syndical désignent leurs pairs qui les représenteront au Conseil Syndical. Les membres ainsi élus désigneront ceux d'entre eux qui composeront le Bureau National

Au niveau local, plusieurs instances sont le relais du national et du terrain :

La section syndicale est constituée par les adhérents CFDT dépendant d'une même CCI auprès de laquelle au moins un délégué syndical a été désigné par la CFDT-CCI.

Elle est animée par les militants et le ou les délégués syndicaux. Elle assure, en liaison avec la CFDT-CCI, la défense individuelle et collective des agents, les informe, les consulte sur les revendications et conduit la négociation. La section syndicale est le lieu où vous deviendrez un adhérent acteur, si vous le désirez.

Avant chaque congrès syndical, la section prépare ses options et sa délégation.

Les sections participent également aux activités des structures inter-professionnelles CFDT, ainsi qu'aux collectifs mis en place par la Fédération CFDT des Services.

A partir des orientations fixées par le congrès, le conseil syndical élabore le plan de travail de la CFDT-CCI, en définissant les positions à défendre et à promouvoir, ainsi que les moyens à mettre en œuvre, en élaborant et contrôlant le budget.

C'est aussi le conseil qui reconnaît, institue et anime les sections syndicales et suit leur activité. Il prépare, mandate et contrôle l'activité du bureau national. Enfin, il définit l'organisation de l'information et de la formation syndicale des adhérents, des délégués syndicaux et du personnel des CCI.

Le conseil syndical est composé de représentants de sections élus par le congrès. Il comporte 40 membres au maximum. Il peut faire appel à la participation, avec voix consultative, d'invités : responsables confédéraux, fédéraux, inter-professionnels, militants ou retraités CFDT-CCI, responsables syndicaux CCI des DOM-TOM, etc. Enfin, il élit en son sein les membres du bureau national.

C'est l'assemblée souveraine des adhérents. Il réunit les délégués mandatés des sections syndicales qui élisent à cette occasion les membres du conseil syndical.

Le congrès détermine, dans tous les domaines, les orientations générales de la CFDT-CCI, et se prononce sur les rapports d'activité et financier.

Le congrès syndical se réunit tous les 4 ans - le dernier en date a eu lieu à Erdeven en mars 2018.

Le bureau national est l'organe exécutif de la CFDT-CCI.

Il a la responsabilité de concrétiser les orientations fixées par le congrès et développées par le conseil syndical. Il soumet à ce dernier un plan de travail et un budget prévisionnel, des bilans d'exécution, et l'informe régulièrement de l'ensemble de ses activités : syndicalisation, désignation des délégués syndicaux, suivi des sections, avancées des négociations locales et nationales, information des sections, des adhérents, du personnel des CCI, actions en justice.

Le bureau est composé d'au moins 6 secrétaires nationaux élus par le conseil syndical, parmi lesquels sont désignés un secrétaire général, un secrétaire général adjoint, un trésorier et un trésorier adjoint.

Tout comme le conseil syndical, le bureau peut faire appel à la participation, avec voix consultative, d'invités : responsables confédéraux, fédéraux, inter-professionnels, militants et retraités CFDT-CCI, responsables syndicaux CCI des DOM-TOM.

Le bureau est actuellement ainsi composé :